“系统发生”（Phylogeny）就是指一类生物，或是物种，或是类群的演化历史。而系统发生树（phylogenetic tree）是指用图形的方式来描述一个类群的演化历史，以及其中各成员之间的相互关系。根据达尔文“生命之树”的原理，所有生物共享同一祖先，因此生物的系统发生关系是可以通过一些方法重新构建的。 系统发生树的重建可以用形态性状、生理性状等，但现在用得最多的是DNA、RNA或蛋白质序列，或全基因组序列。本节课将用具体的实例如何用分子数据构建系统发生树，用这种方法来研究物种的起源和演化、物种之间的相互关系、一些特殊性状的起源、两类物种的协同演化等等；还可以用这种方法追溯病原体的来源、破解各种诉讼案件等。 本节课还将给大家介绍一些系统发生重建中的术语和建树方法，以及如何对系统发生树的可靠性进行评估。